Zmień domyślną ścieżkę biblioteki R za pomocą .libPaths w pliku Rprofile.site nie działa

Używam R w systemie Windows, a nie jako administrator. Po zainstalowaniu pakietu następujące polecenie nie działa:

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

Aby zainstalować pakiet, muszę określić lokalizację biblioteki:

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

Aby załadować pakiet, muszę również określić lokalizację biblioteki:

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

Wszystko to jest w porządku, ale chciałem sprawdzić, czy mogę C:/software/Rpackagesjakoś dodać do ścieżki biblioteki, a więc nie muszę jej wpisywać za każdym razem.

Podczas wyszukiwania online znalazłem, że jednym ze sposobów jest edycja Rprofile.sitepliku i dodanie wiersza

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Jednak po zrobieniu tego i uruchomieniu RStudio otrzymuję dane wyjściowe

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

Wydane .libPathsprzeze mnie polecenie Rprofile.sitewydaje się nie mieć żadnego efektu! Dlaczego tak jest? A co ważniejsze, jak mogę rozwiązać problem, aby móc instalować i ładować pakiety bez wpisywania lokalizacji biblioteki?

Uwaga: jeśli uruchomię RStudio, .libPaths()polecenie wydaje się działać tak, jak powinno

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

Czy to nie dziwne?

Zasadniczo staram się przechowywać wszystkie moje pakiety w jednej bibliotece, ale jeśli chcesz dodać bibliotekę, dlaczego nie dołączyć nowej biblioteki (która musi już istnieć w systemie plików) do istniejącej ścieżki biblioteki?

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )

Lub (a to sprawi, że userLibrary będzie pierwszym miejscem do umieszczania nowych pakietów):

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

Potem dostaję (przynajmniej z powrotem, kiedy napisałem to pierwotnie):

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"  

Ta .libPathsfunkcja różni się nieco od większości innych funkcji nie graficznych. Działa poprzez efekt uboczny. Funkcje Sys.getenvi Sys.setenvraportujące i zmieniające zmienne środowiskowe R zostały rozdzielone, ale.libPaths mogą raportować lub zmieniać swój cel.

Informacje o procesie uruchamiania R można przeczytać na ?Startupstronie pomocy, a materiał RStudio znajduje się na stronie : https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

W twoim przypadku wydaje się, że RStudio nie przestrzega ustawień Rprofile.site lub może je zastępuje, czytając ustawienie .Rprofile z jednego z domyślnych ustawień RStudio. Należy również wspomnieć, że wynik tej operacji dołącza również treść połączeń do .Libraryi.Library.site , co jest kolejnym powodem, dla którego RStudio - (lub dowolne inne IDE lub sieć zainstalowana -) hostowane R może wykazywać inne zachowanie.

Ponieważ Sys.getenv()zwraca bieżące środowisko systemowe dla procesu R, bibliotekę i inne ścieżki można wyświetlić za pomocą:

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

Dwa, które mają znaczenie dla przechowywania i uzyskiwania dostępu do pakietów to (teraz różne w Linux-ie):

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

Właściwym rozwiązaniem jest ustawienie zmiennej środowiskowej R_LIBS_USER na wartość ścieżki pliku do pożądanego folderu biblioteki, w przeciwieństwie do rozpoznawania pliku Rprofile.site przez RStudio.

Aby ustawić zmienną środowiskową R_LIBS_USERw systemie Windows, przejdź do Panelu sterowania (Właściwości systemu -> Zaawansowane właściwości systemu -> Zmienne środowiskowe -> Zmienne użytkownika) na pożądaną wartość (ścieżkę do folderu biblioteki), np.

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

Ustawienie R_LIBS_USER zapewni, że biblioteka pojawi się najpierw w .libPaths () niezależnie od uruchomienia RStudio bezpośrednio lub poprzez kliknięcie pliku prawym przyciskiem myszy i „Otwórz za pomocą”, aby uruchomić RStudio.

Rozwiązanie Rprofile może działać, jeśli RStudio jest zawsze uruchamiane przez kliknięcie skrótu RStudio. W takim przypadku wystarczy ustawić domyślny katalog roboczy na katalog, w którym znajduje się plik Rprofile . Rozwiązanie Rprofile nie działa po kliknięciu pliku, aby uruchomić RStudio, ponieważ powoduje to zmianę katalogu roboczego na domyślny.

Udało mi się rozwiązać problem, umieszczając kod w .Rprofile pliku w domyślnym katalogu roboczym.

Najpierw znalazłem lokalizację domyślnego katalogu roboczego

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

Następnie użyłem edytora tekstu, aby napisać prosty .Rprofileplik z następującym wierszem

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Wreszcie, kiedy uruchamiam Ri uruchamiam .libPaths(), otrzymuję pożądany wynik:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

/superuser/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

Edytuj ~ / .Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

Znalazłem tutaj rozwiązanie (dziękuję Carl Schwarz z SFU) za dodanie osobistej biblioteki, która jest na stałe (nie musisz jej definiować w każdej sesji) rozpoznaje, czy używasz R czy Rstudio, a Rstudio traktuje to jako domyślnie na moim komputerze Mac. Nie widziałem, żeby to wyraźnie określało to na SO, więc podsumowałem kroki, które oni podali, dla Windowsa, a potem dla Maca.

W przypadku systemu operacyjnego Windows 7:

1. Utwórz katalog na dysku, na którym chcesz mieć swoją osobistą bibliotekę, np. C: \ User \ Rlibs (lub inny, do którego masz uprawnienia)

2. Wyszukaj / przejdź do „Edytuj zmienną środowiskową dla swojego konta” na pasku wyszukiwania systemu Windows, aby edytować ustawienia panelu sterowania

3. Kliknij „Nowy ...” pośrodku okna „Zmienne środowiskowe”

4. W oknie „Nowa zmienna użytkownika” wpisz „ R_LIBS ” jako „Nazwa zmiennej” i ścieżkę do utworzonego katalogu biblioteki osobistej, np. C: \ User \ Rlibs

5. Kliknij OK, a powinieneś zobaczyć parę Zmienna / Wartość w oknie Zmienne użytkownika

6. Kliknij ponownie OK

Teraz po uruchomieniu R (lub Rstudio) i .libPaths()wpisaniu polecenia powinieneś zobaczyć utworzoną bibliotekę osobistą, a także bibliotekę systemową R.

Dla Maca:

1. W katalogu „Strona główna” lub „nazwa użytkownika” utwórz folder o nazwie Rlibs

2. Uruchom aplikację Terminal

3. Typ: echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrionupewnij się, że wielkość liter pasuje.

4. Wpisz, ls -aaby zobaczyć pełną listę plików w katalogu, która powinna teraz zawierać .Renvrion

5. Sprawdź, czy plik .Renviron został poprawnie ustawiony:more .Renviron

Uruchom R / Rstudio i wpisz, .libPaths()a powinieneś zobaczyć nową ścieżkę do swojej osobistej biblioteki.

Jeśli nie masz uprawnień administratora, pomocne może być również otwarcie Rprofile.sitepliku znajdującego się w \ R-3.1.0 \ etc i dodanie:

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

To ocenia .libPath()polecenie bezpośrednio przy starcie

Naprawdę miałem problem ze zrozumieniem tego. gorkypl podał prawidłowe rozwiązanie powyżej, kiedy ostatnio ponownie instalowałem system operacyjny i Rstudio, ale tym razem ustawienie mojej zmiennej środowiskowej nie zostało rozwiązane.

Odinstalowano zarówno R, jak i Rstudio, tworząc katalogi C: \ R i C: \ Rstudio, a następnie ponownie zainstalowano oba.

Zdefiniuj zmienną użytkownika R_LIBS_USER w swoim preferowanym katalogu (zgodnie z odpowiedzią gorkypl) i zrestartuj komputer, aby załadować zmienną użytkownika. Otwórz Rstudio, błędy powinny zniknąć.

Możesz także użyć Sys.setenv()do zmodyfikowania R_LIBS_USER do ścieżki alternatywnej biblioteki, co jest łatwiejsze i nie wymaga ponownego uruchamiania komputera.

Aby zobaczyć, co R_LIBS_USER jest ustawiony na: ?Sys.getenv()

Czytanie help(Startup)jest przydatne.

Jeśli domyślna biblioteka pakietów została zmieniona po zainstalowaniu nowej wersji R lub w jakikolwiek inny sposób, możesz dołączyć obie biblioteki, aby korzystały ze wszystkich pakietów za pomocą poniższych poleceń. Uzyskaj istniejącą ścieżkę biblioteki:

.libPaths()

Teraz ustaw istniejącą i starą ścieżkę:

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

Mam nadzieję, że to pomoże.

wystarczy zmienić domyślny folder dla bibliotek R w katalogu bez uprawnień administratora, np

.libPaths("C:/R/libs")

Przeczytałem readme. W tym celu wspomniano o użyciu .libPaths () w wierszu poleceń, aby sprawdzić, które ścieżki są dostępne. Miałem 2 ścieżki biblioteki wcześniej. Kiedy użyłem polecenia .libpath („C: / Program Files / R / R-3.2.4revised / library”) tam, gdzie chciałem, zmieniłem ścieżkę do biblioteki. Kiedy ponownie wpisałem .libPaths () w wierszu poleceń, pokazał mi poprawną ścieżkę. Mam nadzieję że to pomoże

W systemie Ubuntu zalecanym sposobem zmiany domyślnej ścieżki biblioteki dla użytkownika jest ustawienie R_LIBS_USERzmiennej w ~/.Renvironpliku.

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

skopiuj powyższy link podwójnie odwróconym przecinkiem

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

Domyślna ścieżka zmieni się przy instalowaniu pakietów

Jeśli chcesz na stałe zmienić ścieżkę do biblioteki (bez wywoływania .libPath () za każdym razem, gdy wpisujesz w R, działa to dla mnie:

1. utwórz .Rprofile w swoim katalogu domowym. (~ / .Rprofile)

2. wpisz .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) plik .Rprofile, zapisz.

3. otwórz R (dowolny katalog) i sprawdź, po prostu wpisz .libPaths(), możesz znaleźć aktualizację ścieżki do libaray!

Patrzyłem na to, ponieważ R miał problemy z instalacją w domyślnej lokalizacji i zamiast tego po prostu umieszczałem pakiety w folderze tymczasowym. Okazało się, że jest to najnowsza aktualizacja Mcaffee Endpoint Security, która najwyraźniej ma problemy z R. Możesz wyłączyć ochronę przed zagrożeniami podczas instalowania pakietów i będzie działać poprawnie.