Błąd w plot.new (): za duże marginesy rysunku w R

Jestem nowy w R, ale wykonałem wiele wykresów korelacji z mniejszymi zestawami danych. Jednak kiedy próbuję wykreślić duży zestaw danych (2 GB +), mogę dobrze wykonać wykres, ale legenda się nie pojawia. Jakakolwiek rada? czy alternatywy?

library(gplots)
r.cor <- cor(r)
layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2), 5, 2, byrow = TRUE))
par(oma=c(5,7,1,1))
cx <- rev(colorpanel(25,"yellow","black","blue"))
leg <- seq(min(r.cor,na.rm=T),max(r.cor,na.rm=T),length=10)
image(r.cor,main="Correlation plot Normal/Tumor data",axes=F,col=cx)
axis(1, at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]], 
    cex.axis=0.9,las=2)
axis(2,at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]],
     cex.axis=0.9,las=2)
image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)     

Błąd plot.new(): zbyt duże marginesy rysunku

tmp <- round(leg,2)
axis(1,at=seq(0,1,length=length(leg)), labels=tmp,cex.axis=1)

Podejrzewam, że problem polega na tym, że obszar małej figury 2 utworzony przez twój layout() wywołanie nie jest wystarczająco duży, aby zawierać tylko domyślne marginesy, nie mówiąc już o wykresie.

Przed linią powodującą problem spróbuj:

par(mar = rep(2, 4))

następnie wykreśl drugi obraz

image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)

Będziesz musiał bawić się rozmiarem marginesów na par() połączenia, które pokazuję, aby to naprawić. Konieczne może być również zwiększenie rozmiaru rzeczywistego urządzenia, na którym drukujesz.

Ostatnia wskazówka: zapisz par()ustawienia domyślne przed ich zmianą, więc zmień istniejące par()połączenie na:

op <- par(oma=c(5,7,1,1))

potem na koniec kreślenia zrobić

par(op)

Ten błąd może wystąpić w Rstudio po prostu dlatego, że okienko „Wykresy” jest ledwo za małe. Spróbuj powiększyć „Pliki, wykresy, pakiety, pomoc, przeglądarkę” i zobacz, czy to pomaga!

Jeśli otrzymasz ten komunikat w RStudio, kliknięcie ikony „miotły” „Wyczyść wszystkie wykresy” na karcie Wykresy i ponowne użycie funkcji plot () może zadziałać.

Czasami zdarza się to w RStudio. Aby rozwiązać ten problem, możesz spróbować wydrukować do zewnętrznego okna (tylko Windows):

windows() ## create window to plot your file
## ... your plotting code here ...
dev.off() 

Otrzymałem ten błąd w R Studio i został po prostu naprawiony, zwiększając pasek boczny, klikając i przeciągając jego krawędź od prawej do lewej.

Sprawdź, czy Twój obiekt jest listą czy wektorem. Aby to zrobić, wpisz is.list(yourobject). Jeśli to prawda, spróbuj zmienić jego nazwę x<-unlist(yourobject). W ten sposób stanie się wektorem, który można wykreślić.

Po prostu powiększ ten obszar, jeśli używasz RStudio.

Znalazłem dzisiaj ten błąd. Początkowo próbowałem wyprowadzić go do .jpegpliku o małej szerokości i wysokości.

jpeg("method1_test.jpg", width=900, height=900, res=40)

Później zwiększyłem szerokość i wysokość do:

jpeg("method1_test.jpg", width=1900, height=1900, res=40)

Nie było błędu. :)

Możesz także bawić się rozdzielczością, jeśli rozdzielczość jest wysoka, potrzebujesz większej szerokości i wysokości.

Wystąpił ten błąd, gdy próbowałem wykreślić dane wysokowymiarowe. Jeśli tak się dzieje, wypróbuj skalowanie wielowymiarowe: http://www.statmethods.net/advstats/mds.html

Zmagałem się z tym błędem od tygodni (używając RStudio). Próbowałem przesuwać okno wykresu coraz większe i mniejsze, ale to nie zawsze pomagało. Kiedy przeniosłem (przeciągnąłem) aplikację na mój większy monitor, problem zniknął! Byłem oszołomiony ... tyle straconych godzin ... Wiedziałem, że mój kod jest poprawny ...

Obszar roboczy RStudio Plots ogranicza szerokość i wysokość wydruku. Jeśli jednak utworzysz wykres z fragmentu kodu Rmarkdown , działa on bez ograniczeń pola płótna, ponieważ obszar kreślenia jest ustawiony zgodnie z rozmiarem papieru.

Na przykład:

    ```{r}
#inside of code chunk in Rmarkdown
        grid <- par(mfrow=c(4, 5))
        plot(faithful, main="Faithful eruptions")
        plot(large.islands, main="Islands", ylab="Area")
        ...
        par(grid)
    ```

Znalazłem dziś ten sam błąd. Próbowałem użyć przycisku „Wyczyść wszystkie wykresy”, ale dawał mi ten sam błąd. Wtedy ta sztuczka zadziałała dla mnie, spróbuj zwiększyć obszar fabuły, przeciągając. Na pewno ci to pomoże.

Po prostu użyłem Wyczyść wszystkie wykresy, a następnie ponownie podaj polecenie wykresu i było to pomocne

Jeśli margines jest niski, zawsze lepiej jest zacząć od nowego urządzenia kreślącego:

dev.new()
# plot()
# save your plot
dev.off()

Nigdy nie otrzymasz błędu marginesu, chyba że narysujesz coś dużego, czego nie da się pomieścić.