Czy istnieje sposób na zagwarantowanie hierarchicznego wyjścia z NetworkX?

Próbuję stworzyć schemat blokowy struktury drzewa . Udało mi się stworzyć reprezentatywne wykresy za pomocą networkx, ale potrzebuję sposobu, aby pokazać strukturę drzewa , kiedy wyprowadzam wykres. Do wykreślenia wykresu używam matplotlib.pylab.

Muszę pokazać dane w strukturze podobnej do pokazanej tutaj . Chociaż nie mam pod-grafów.

Jak mogę zagwarantować taką strukturę?

Przykłady dla niewierzących:

Mogłem pokazać wykresy za pomocą pylab i graphviz, ale żadne z nich nie oferuje struktury drzewa, której szukam. Wypróbowałem każdy układ, jaki ma do zaoferowania networkx, ale żaden z nich nie pokazuje hierarchii . Po prostu nie jestem pewien, jakie opcje / tryb podać, LUB czy muszę użyć odważników. Wszelkie sugestie pomogłyby wielu.

@ jterrace:

Oto ogólny zarys tego, czego użyłem do stworzenia powyższych wykresów. Dodałem kilka etykiet, ale poza tym jest to to samo.

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.Graph()

G.add_node("ROOT")

for i in xrange(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

plt.title("draw_networkx")
nx.draw_networkx(G)

plt.show()

Jeśli używasz wykresu skierowanego, układ kropek Graphviz zrobi coś, co chcesz z drzewem. Oto kod podobny do powyższych rozwiązań, który pokazuje, jak to zrobić

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.nx_agraph.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

AKTUALIZACJA

Oto wersja zaktualizowana dla networkx-2.0 (wraz z nadchodzącym networkx-2.1 rysuje również strzałki).

import networkx as nx
from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot, graphviz_layout
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")

for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos =graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=True)
plt.savefig('nx_test.png')

Możesz użyć pygraphviz, aby się zbliżyć:

>>> import pygraphviz
>>> import networkx
>>> import networkx as nx
>>> G = nx.Graph()
>>> G.add_node("ROOT")
>>> for i in xrange(5):
...     G.add_node("Child_%i" % i)
...     G.add_node("Grandchild_%i" % i)
...     G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
...     G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
...     G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

>>> A = nx.to_agraph(G)
>>> A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".2" -Nheight=".2" -Nmargin=0 -Gfontsize=8')
>>> A.draw('test.png')

Wynik:

Uwaga Skopiowałem opcje graphviz z linku, który zamieściłeś powyżej. Nie jestem pewien, dlaczego czwarte dziecko jest rysowane na górze, a nie w ściśle pionowym formacie. Może ktoś, kto wie więcej o opcjach Graphviz, może w tym pomóc.

Możesz użyć grandalf jako rozwiązania tylko dla Pythona, jeśli nie chcesz instalować graphviz.

Ten typ wizualizacji nazywany jest również rysowaniem wykresów warstwowych lub rysowaniem wykresów w stylu Sugiyamy , które mogą wyświetlać wiele rodzajów wykresów, w tym wykresy niebędące drzewami.

Zobacz moją odpowiedź na inne pytanie, aby poznać szczegóły i implementację.