W wyskakującym okienku nie ma żadnego zdarzenia zamknięcia, którego można by odsłuchać.
Z drugiej strony istnieje właściwość closed, która jest ustawiana na true, gdy okno zostanie zamknięte.
Możesz ustawić licznik czasu, aby sprawdzić tę zamkniętą właściwość i zrobić to w następujący sposób:
var win = window.open('foo.html', 'windowName',"width=200,height=200,scrollbars=no");
var timer = setInterval(function() {
if(win.closed) {
clearInterval(timer);
alert('closed');
}
}, 1000);
Zobacz ten działający przykład Fiddle !