Niektóre problemy w dziedzinie biologii obliczeniowej wydają się odpowiednie do praktycznych zastosowań, które nie są sztuczne - a przynajmniej nie są tak sztuczne, jak problemy wymienione przez Jukkę Suomela.
Na przykład ludzie często wspominają pracę F. Abu-Khzama, R. Collinsa, M. Fellowsa, M. Langstona, W. Sutersa C. Symonsa, Kernelization Algorytmy for the Vertex Cover Problem: Theory and Experiments , Proceedings of the 6. Warsztaty nt. Inżynierii algorytmów i eksperymentów (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Applied Mathematics 115, 2004.
Jak twierdzą autorzy: „Jedna z aplikacji, do których zastosowaliśmy nasze metody, polega na znalezieniu drzew filogenetycznych na podstawie informacji o domenie białkowej, ...” (sekcja 8 powyższej pracy).
Część autorów ma podobne artykuły na ten temat, patrz np. Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag i Christopher T. Symons, Skalowalne równoległe algorytmy dla problemów FPT , Algorytmica, Tom 45, Numer 3 , 269–284.
Nie jestem pewien, czy instancje użyte w eksperymentach były instancjami z prawdziwego świata, czy sztuczne, ale mam nadzieję, że te dwa odniesienia stanowią dobry punkt wyjścia.