Po włączeniu FileVault na El Capitan partycja jest szyfrowana za pierwszym razem. Po zakończeniu tej fazy rozpoczyna się druga faza optymalizacji, która trwa znacznie dłużej niż pierwsza faza szyfrowania. Etap optymalizacji nie był obecny przy pierwszym pojawieniu się FileVault 2 (OS X Lion). Faza szyfrowania zajęła wtedy tyle samo czasu. Na czym więc polega ta optymalizacja?
Mój system to MBP z połowy 2014 roku z 1 TB SSD. Pierwsza faza została wykonana w ciągu około 12 godzin. Druga faza optymalizacji trwa teraz 20 godzin i wciąż trwa.